针对公司旷工扣工资问题，我们可依据《中华人民共和国劳动合同法》和《中华人民共和国劳动法》的相关规定分析其合法性。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项明确：“劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。”若公司规章制度明确旷工属“严重违反规章制度”且合法有效，公司可依规处理旷工员工，包括扣减工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应以货币形式按月支付，不得克扣或无故拖欠。”这表明公司扣减旷工工资需有合法依据（即规章制度明确规定），且不得“无故”克扣。若无制度依据或制度无效，扣工资即违法，员工有权要求返还。
综上，公司旷工扣工资是否合法，关键看两点：一是规章制度“明确、合法有效”，二是扣减“合理”。满足则合法，反之违法。
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公司因旷工扣工资可能存在以下法律风险，需您注意：
1. **规章制度无效风险**：若扣工资的规章制度未经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定，或未向员工公示/告知，该制度可能被认定无效。例如，某公司员工旷工1天，公司依据未公示制度扣其50%工资，仲裁委以制度未公示为由裁决公司返还工资。
2. **违法克扣工资风险**：即使有制度，若扣减标准过高导致工资低于当地最低工资标准，仍属违法。例如，当地最低工资2000元/月，员工月工资3000元，旷工2天按日工资3倍扣（约828元），扣后工资2172元合法；若扣后1800元，则公司需补足至2000元。
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公司旷工扣工资需结合规章制度和劳动法综合判断，不同情况处理如下：
- 若规章制度明确旷工扣工资标准（如旷工1天扣当日工资一定比例），且经民主程序制定并公示/告知，公司可依规扣减，但扣后工资不得低于当地最低工资标准。
- 若规章制度未明确扣减规则，或未民主程序制定、未公示，则公司单方面扣工资涉嫌违法，员工有权要求返还。
- 若员工旷工天数达到“严重违反规章制度”的情形（如连续旷工3天或年度累计10天），公司除扣减工资外，还可依据《劳动合同法》第三十九条第二项解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
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处理公司旷工扣工资时，以下特殊情况可能影响结果：
1. **员工旷工有正当理由**：因突发疾病（需医院证明）、直系亲属重大疾病/去世等不可抗力或紧急情况，且已及时告知公司（如电话、短信），公司不得简单按一般旷工扣工资。可要求员工事后补请假手续，直接扣工资可能被认定为无故克扣。
2. **规章制度明显不合理**：即使制度经合法程序制定并公示，若旷工扣工资规定明显不合理（如旷工1天扣当月全部工资），可能因违反公平原则被认定无效。公司依此扣工资属违法，员工有权要求调整金额并返还多扣部分。
3. **另有约定优先适用**：若劳动合同对旷工扣工资有特别约定（不违反法律强制性规定），且与规章制度不同，则优先适用劳动合同约定。例如，劳动合同约定“旷工1天扣当日工资”，公司依制度扣3日工资即违法。
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