公司因员工迟到扣钱是否合法，可依据法律法规分析。《中华人民共和国劳动法》第五十条明确：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”即公司原则上不得无故克扣工资。《工资支付暂行规定》第十六条（1994年发布）规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”因此，公司因员工迟到扣钱合法的前提是：员工迟到确实造成公司经济损失，扣钱符合上述规定（如扣款不超当月工资20%、扣除后不低于最低工资标准等），且公司有合法制定并公示的规章制度作为依据。否则，扣钱行为可能违法。
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公司因员工迟到扣钱是否合法，需具体分析。一般情况下，公司不得无故克扣工资，但在法定条件下可依法处理。
1. 若公司未依法制定或公示迟到扣钱的规章制度，扣钱行为因缺乏合法依据而不合法。
2. 若规章制度未经民主程序制定（如未经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），则该制度本身无效，以此扣钱不合法。
3. 若每月扣除工资超过当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，扣钱行为违反《工资支付暂行规定》第十六条，属于违法。
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公司因员工迟到扣钱的合法性，还可能受特殊情况或例外情形影响：
1. 员工因不可抗力（如地震、极端天气等）迟到：不可抗力属法定免责事由，员工无过错，公司不能以此为由扣钱，否则违法。
2. 公司未约定或未明确告知扣钱规则：若劳动合同未约定迟到扣钱内容，且未通过合法程序制定并向员工明确告知扣钱规则（如标准、情形等），扣钱行为缺乏合法依据，可能无效，员工有权要求返还被扣工资。
3. 员工因执行公司紧急任务迟到：例如员工为处理公司临时安排的紧急业务而迟到（如提前去外地），这种情况员工迟到是为了公司利益，公司不应扣钱，否则不符合公平原则，易引发纠纷。
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公司因员工迟到扣钱可能存在法律风险，结合实例说明：
1. 扣钱依据不足的风险：若公司无合法制定和公示的规章制度，且员工迟到未造成经济损失却随意扣钱（如仅迟到几分钟就扣除当天一半工资），员工可通过劳动仲裁要求返还被扣工资，公司可能面临返还工资及行政处罚。
2. 扣钱金额超标的纠纷：假设员工当月工资5000元，公司因一次迟到扣除1200元（超当月工资20%），或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，扣钱行为违反《工资支付暂行规定》第十六条，员工有权要求纠正，公司可能面临仲裁并需补足工资差额。

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